Charly Hübner, geboren am 4. Dezember 1972 in Neustrelitz, sammelte ab 1991 Bühnenerfahrungen als Schauspieleleve und Regieassistent am Landestheater Neustrelitz. Von 1993 bis 1997 studierte er an der Hochschule für Schauspielkunst "Ernst Busch" in Berlin und wirkte bereits während dieser Zeit in Inszenierungen am Berliner Maxim-Gorki-Theater und an der Schaubühne mit.

Nach seinem Studienabschluss 1997 erhielt er in Frankfurt ein Engagement am Schauspielhaus (bis 1999), gefolgt vom TAT - Theater am Turm (1999-2003) und der Berliner Schaubühne (2000-2003). In den folgenden Jahren konzentrierte Hübner sich auf seine Film- und Fernsehkarriere: Er spielte Nebenrollen in Kinofilmen wie der Fußballer-Komödie "Männer wie wir" (2004), Fernsehspielen wie "Das Zimmermädchen und der Millionär" (2004) und hatte Gastauftritte in mehreren "Tatort"-Folgen. 2005 gehörte er zum Ensemble von Eoin Moores tragikomischer Gesellschaftssatire "Im Schwitzkasten" (2005), über eine Berliner Freundesclique und ihren Umgang mit der Wirtschaftskrise.

Größere Aufmerksamkeit erlangte Hübner mit seiner prägnanten Nebenrolle in dem vielfach preisgekrönten DDR-Drama "Das Leben der Anderen" (2006): Darin spielte er einen Stasi-Oberfeldwebel, der die nächtliche Überwachung eines Intellektuellenpärchens übernimmt.  Im Jahr darauf erhielt er eine Hauptrolle als Gerichtsmediziner in der Krimiserie "Post Mortem", die jedoch 2008 schon wieder eingestellt wurde. Von 2008 bis 2012 gehörte er in diversen Rollen zum Ensemble der Comedyserie "Ladykracher" mit Anke Engelke. Seit 2010 bildet Hübner gemeinsam mit Anneke Kim Sarnau das Ermittlerduo in den Rostocker Folgen der Krimireihe "Polizeiruf-110"; für die Folge "Fischerkrieg" wurde er 2013 mit dem Bayerischen Fernsehpreis ausgezeichnet.

Neben zahlreichen weiteren Fernsehrollen, unter anderem in der Actionserie "Transporter - Die Serie" (CND/USA/F/D 2012), spielte Hübner zwischenzeitlich auch wieder Theater. So etwa am Schauspielhaus Zürich (2008) und von 2011 bis 2013 am Schauspiel Köln.

Im Kino wirkt Charly Hübner regelmäßig in zumeist ambitionierten Produktionen mit: In dem Ensemble-Drama "Autopiloten" (2007) spielte er einen an seiner Existenz verzweifelnden Handelsvertreter, in "Up! Up! To the Sky" (2008) einen Krankenpfleger, der in der Psychiatrie einen vermeintlichen Außerirdischen betreut; in Julie Delpys "Die Gräfin" (D/F, 2009) verkörperte er den Freiherrn, dem die legendäre "Blutgräfin" Erzebet Bathory einst zur Frau versprochen wurde, in "Der Himmel hat vier Ecken" (2011) einen arbeitslosen, allein erziehenden Vater im Hamburger Kiez.

Kritikerlob brachte ihm seine Hauptrolle in dem Psychodrama "Unter Nachbarn" (2011) ein, in dem er einen Mann verkörpert, dessen neue Freundschaft zu seinem Nachbarn immer bedrohlichere Züge annimmt. Unter der Regie von Robert Thalheim gehört er als vom Alltag frustrierter Hausmann zum Ensemble der Tragikomödie "Eltern" (2013). Ebenfalls 2013 drehte er mit Christian Alvart den Thriller "Die Banklady" (Starttermin: März 2014): An der Seite von Nadeshda Brennicke spielt er darin den Komplizen der berüchtigten Bankräuberin Gisela Werler.

In dem Kinderfilm "Bibi & Tina – Der Film" (2014) glänzte er als hinterhältiger Geschäftsmann und Gegenspieler der beiden jungen Heldinnen. Diese Rolle spielte Hübner auch in den Fortsetzungen "Bibi & Tina: Voll verhext!" (2014) und "Bibi und Tina 3 - Mädchen gegen Jungs" (2016). Erwachsenerer Stoff war die Tragikomödie "Ohne Dich" (2014), in dem Hübner einen Psychotherapeuten verkörperte, dessen todkranke Frau mit seiner Hilfe Selbstmord begehen will. In Christian Schwochows "Bornholmer Straße" (2014) hatte er die Hauptrolle eines DDR-Oberstleutnants, der am Abend des 9. Novembers eigenmächtig einen Grenzübergang nach Westdeutschland öffnet.

Bei den Hofer Filmtagen 2014 wurde das Drama "Amok - Hansi geht's gut" uraufgeführt, mit Hübner als Chef eines Angestellten, der einen zunehmenden Hass auf sein Leben und seine scheinbar "deformierten" Mitmenschen entwickelt. Für "Banklady"-Regisseur Christian Alvart gab er in der Komödie "Halbe Brüder" (2015) einen berüchtigten Kiez-Ganoven.

2015 sah man Hübner zudem in vier Fernsehhauptrollen: "Stromberg"-Regisseur Arne Feldhusen besetzte ihn in der Satire "Vorsicht vor Leuten" als in einer kleinstädtischen Behörde arbeitenden Verlierertyp, der eines Tages mit einem gewieften Hochstapler zusammentrifft; in der romantischen Komödie "Anderst schön" war er ein schüchterner Plattenbau-Hausmeister, der einer neu zugezogenen Mieterin den Hof machen will; in "Einmal Hallig und zurück" gab er einen verschrobenen Vogelwart, der einer Klatschreporterin (Anke Engelke) bei der Aufdeckung eines Umweltskandals helfen soll; und in Matti Geschonnecks Drama "Der verlorene Bruder" spielte Hübner einen einstigen Ost-Flüchtling, der mit seiner Frau nach Jahrzehnten den damals verlorengegangenen Sohn wiederzufinden glaubt.

2016 war dann wieder ein großes "Kinojahr" für Hübner. Neben seiner Bösewicht-Rolle in "Bibi & Tina: Mädchen gegen Jungs" hatte er in Adolf Winkelmanns Ruhrpott-Jugendgeschichte "Junges Licht" eine Hauptrolle als Vater des jungen Protagonisten; außerdem spielte er in Maria Schraders "Vor der Morgenröte - Stefan Zweig in Amerika" den Schweizer Schriftsteller Emil Ludwig. In Andreas Dresens Neuverfilmung von James Krüss' "Thimm Thaler" (Start: Dezember 2016) übernahm er die Nebenrolle des mysteriösen Kreschimir, der zu einem Gefährten des Titelhelden wird.

Ebenfalls 2016 begannen die Dreharbeiten zu der Sven-Regener-Verfilmung "Magical Mystery oder: Die Rückkehr des Karl Schmidt" (Regie: Arne Feldhusen). Darin spielt Hübner die Titelrolle eines Künstlers, der nach seiner Entlassung aus der Psychiatrie einige alte Freunde trifft, die inzwischen als Techno-Musiker zu Ruhm kamen, und mit diesen einen verrückten Trip durch Deutschland antritt - als einzig Nüchterner. Der Film startete im Sommer 2017 in den Kinos.

Danach sah man Hübner in der satirischen Komödie "Fühlen Sie sich manchmal ausgebrannt und leer?" (DE/NL 2017) als Ehemann einer gestressten Paartherapeutin und in einer Hauptrolle von Lars Jessens Männerfreundschafts-Komödie "Jürgen - Heute wird gelebt" (2017, TV). Beim Festival DOK Leipzig 2017 stellte Hübner seinen ersten abendfüllenden Film als Regisseur vor: "Wildes Herz" (Regie zusammen mit Sebastian Schultz), ein Dokumentarfilm über die ostdeutsche Punkband Feine Sahne Fischfilet. Der Film gewann in Leipzig den DEFA-Förderpreis, den Gedanken-Aufschluss-Preis, den Dokumentarfilmpreis des Goethe-Instituts sowie den Preis der Vereinten Dienstleistungsgewerkschaft ver.di. Der offizielle Kinostart erfolgte im April 2018.

Noch vorher, im Februar 2018, feierte im Wettbewerb der Berlinale der Romy-Schneider-Film "3 Tage in Quiberon" (DE/AT/FR) Premiere, in dem Hübner den renommierten Fotojournalisten Robert Lebeck verkörpert. Zeitgleich mit "Wildes Herz" startete dieser Film am 12. April 2018 regulär in den Kinos. Beim Deutschen Filmpreis 2018 wurde Hübner für ihn für die Beste männliche Nebenrolle nominiert.

Danach sah man ihn in einer Reihe von Fernsehproduktionen. In dem Thriller "Angst in meinem Kopf" (2018) spielte er einen Sexualmörder; er gehörte zum Hauptensemble von Jan Georg Schüttes improvisierter Komödie und Miniserie "Klassentreffen" (2019) und hatte eine Nebenrolle in Eoin Moores Tragikomödie "Sommer nach dem Abitur" (2019). 

Nach einer Kinorolle in "Lindenberg! Mach dein Ding" (2020), als Vater von Udo Lindenberg, gehörte er zum großen Ensemble von Matti Geschonnecks TV-Dreiteiler "Unterleuten - Das zerrissene Dorf" (2020). Die Sky-Streaming-Serie "Hausen" (2020) zeigte ihn als Hausmeister, der mit seinem jungen Sohn in einen Plattenbau zieht, der von einem Dämon beherrscht wird. Daneben spielte Hübner in der Serie "Polizeiruf 110" weiterhin den Ermittler Alexander Buckow.

In dem während der Corona-Pandemie entstandenen, in den Dialogen weitestgehend improvisierten Roadmovie "Für immer Sommer 90" (2021) spielte Hübner einen Investmentbanker, der sich mit dem Vorwurf einer vor 30 Jahren begangenen Vergewaltigung konfrontiert sieht. Zusammen mit den beiden Regisseuren Lars Jessen und Jan Georg Schütte wurden er für diesen Film mit dem Grimme-Preis ausgezeichnet. Beim Deutschen Fernsehpreis erhielt "Für immer Sommer 90" den Preis als Bester Fernsehfilm. Im Mai 2021 wurde Hübners Abschied aus der Reihe "Polizeiruf 100" bekannt gegeben. Mit "Keiner von uns", dem 24. Fall des Duos Bukow und König, endete Anfang 2022 seine Karriere als Kriminalhauptkommissar Bukow. 

Ein großer Kinoerfolg war "Rabiye Kurnaz gegen George W. Bush" (DE/FR 2022) über den Fall Murat Kurnaz, mit Hübner als Staatsanwalt. Im gleichen Jahr spielte Hübner die Hauptrolle in Lars Jessens Bestsellerverfilmung "Mittagsstunde", über einen Endvierziger, der in seine nordfriesische Heimat zurückkehrt, um seine Eltern zu pflegen.

Eine weitere wichtige Rolle hatte Hübner in Thomas Stubers "Stille Trabanten" (2022), als Wachmann, der sich in eine Geflüchtete aus Osteuropa verliebt. In David Schalkos sechsteiliger TV-Serie "Kafka" (2024) verkörperte er den Verleger Ernst Rowohlt, in der Gesellschaftskomödie "Micha denkt groß" (2024) einen Selfmade-Unternehmer, der in seinem Heimatdorf ein großspuriges Bauvorhaben umsetzen will.

Auch als Regisseur meldete sich Hübner zurück: im August 2023 startete seine Roadmovie-Komödie "Sophia, der Tod und ich", im September 2024 sein Dokumentarfilm "Element of Crime - Wenn es dunkel und kalt wird in Berlin", über die gleichnamige deutsche Rockband.