Sebastian Schipper wurde am 8. Mai 1968 in Hannover geboren. Nach dem Abitur studierte er von 1992-1995 Schauspiel an der Otto Falckenberg Schule in München. Schipper arbeitete an den Münchner Kammerspielen und hatte bereits während des Studiums ein Auftritt in Sönke Wortmanns Kinokomödie "Kleine Haie" (1992). Als Filmschauspieler spielte Schipper zunächst hauptsächlich Nebenrollen, darunter einen deutschen Soldaten in der US-Produktion "The English Patient". Unter der Regie von Tom Tykwer war Schipper in "Winterschläfer" (1997) und "Lola Rennt" (1998) zu sehen.

Mit "Absolute Giganten" brachte Sebastian Schipper 1999 sein Spielfilmdebüt als Regisseur und Autor in die Kinos. Co-Produzent für X-Filme war wiederum Tom Tykwer. Der von der Kritik hoch gelobte Film über drei jugendliche Freunde, die eine letzte gemeinsame Nacht in Hamburg verbringen, wurde vielfach ausgezeichnet, darunter mit dem Deutschen Filmpreis in Silber.

Es folgten weitere Zwischenspiele als Darsteller, etwa in Tykwers "Der Krieger und die Kaiserin" (2000), dem Boxerdrama "Elefantenherz" (2002) und Romuald Karmakars Berlinale-Wettbewerbsbeitrag "Die Nacht singt ihre Lieder" (2004), sowie mehrere Regiearbeiten für Werbefilme. 2006 präsentierte Schipper mit "Ein Freund von mir" dann seine zweite große Regiearbeit. Zwischen Komödie und Charakterstudie angesiedelt, schildert der Film – mit Daniel Brühl, Jürgen Vogel und Sabine Timoteo in den Hauptrollen – die innige Freundschaft zwischen zwei sehr ungleichen Männern und die Gefährdung der Freundschaft, da beide dieselbe Frau lieben.

Sebastian Schippers nächstes Projekt wurde 2009 auf der Berlinale vorgestellt: "Mitte Ende August", unter anderen mit Marie Bäumer und Milan Peschel in den Hauptrollen, ist eine Interpretation von Goethes "Wahlverwandtschaften" und erzählt von einer Handvoll Menschen, die während eines Sommers in einem Haus auf dem Land in Gefühlswirren gestoßen werden.

In den Jahren danach war Schipper vor allem als Schauspieler aktiv. Für seine Hauptrolle in Tom Tykwers amouröser Dreiecksgeschichte "Drei" (2010) wurde er für den Preis der deutschen Filmkritik nominiert. Unter der Regie von Marie Noelle und Peter Sehr spielte er in "Ludwig II." (2012) die Titelfigur in späten Jahren. In kleineren Nebenrollen gehörte er außerdem zu den Ensembles von Titus Selges Komödie "Überleben an der Wickelfront" (2012, TV), Achim von Borries' Mystery-Drama "Alaska Johansson" (2013, TV) und Feo Aladags Kriegsdrama "Zwischen Welten" (2014). Ab 2013 übernahm Schipper zudem eine feste Rolle in den Hamburger "Tatort"-Folgen mit Wotan Wilke Möhring als Kommissar; darin spielt er Möhrings Ex-Kollegen und besten Freund Jan Katz. Beim Filmfest Hamburg 2014 feierte Anders Morgenthalers "I Am Here" ("Um jeden Preis", 2014; dt. Kinostart: Juli 2015) Premiere, ein Thriller über illegalen Handel mit Säuglingen, in dem Schipper an der Seite von Kim Basinger eine tragende Nebenrolle spielt.

Im Februar 2015, rund sechs Jahre nach "Mitte Ende August", stellte Schipper im Wettbewerb der Berlinale sein neues Werk als Regisseur vor: In einer einzigen, etwa zweieinhalbstündigen Einstellung folgt "Victoria" einer jungen Spanierin (Laia Costa) und ein paar Herumtreibern auf einem nächtlichen Streifzug durch Berlin, der auf verheerende Weise aus dem Ruder läuft. Im Juni 2015 startete der Film regulär in den deutschen Kinos. Beim Deutschen Filmpreis 2015 wurde "Victoria" mit sechs Lolas ausgezeichnet, Schipper erhielt die Lola für die Beste Regie.

Ein enormer Erfolg war auch "Toni Erdmann" (2016) von Maren Ade, an dem Schipper als Co-Produzent beteiligt war.

Im Herbst 2017 begann Schipper mit den Dreharbeiten zu seinem nächsten eigenen Film: Im Roadmovie "Roads" (Kinostart: Mai 2019) begeben sich zwei höchst ungleiche 18-Jährige von Marokko aus in einem gestohlenen Luxus-Wohnmobil auf eine Reise durch Europa, die ihr Leben nachhaltig verändern wird.