Johannes Naber wurde 1971 in Baden-Baden geboren. Nach einem Studium der Philosophie und der Indischen Philologie an der FU Berlin begann er eine Hochschulausbildung an der Filmakademie Baden-Württemberg, welche er 1999 mit dem Diplom im Fachbereich Dokumentarfilm abschloss.

Für sein Drehbuch zu dem Bergsteigerdrama "Nordwand" erhielt er 2009 den Preis der deutschen Filmkritik. Nabers Regiedebüt "Der Albaner" wurde 2010 mit dem Max-Ophüls-Preis sowie dem Silver George des Internationalen Filmfestivals in Moskau ausgezeichnet; insgesamt waren von der ersten Idee bis zur Fertigstellung des Films fast zehn Jahre vergangen.

Bei der Berlinale 2014 feierte in der Sektion "Perspektive Deutsches Kino" Nabers zweiter abendfüllender Film Premiere: Die bitterböse Komödie "Zeit der Kannibalen", über zwei abgeklärte Business-Consultants, denen eine junge, so ehrgeizige wie idealistische Kollegin zugeteilt wird. Im Mai 2014 startete der Film in den deutschen Kinos.

Beim Deutschen Filmpreis 2015 wurde "Zeit der Kannibalen" für die Beste Regie nominiert und erhielt den Filmpreis in Bronze in der Kategorie Bester Spielfilm sowie den Preis für des Beste Drehbuch. Der Verband der deutschen Filmkritik zeichnete den Film mit den Preisen für das Beste Drehbuch und den Besten Spielfilm aus, Sebastian Blomberg und Devid Striesow wurden als Beste Darsteller geehrt.

Im Sommer 2015 begann Naber mit den Dreharbeiten zu seinem nächsten Film, einer prominent besetzten Adaption von Wilhelm Hauffs Märchenklassiker "Das kalte Herz". Im Oktober 2016 kam der Film in die Kinos. Der düstere Märchenfilm bekam zwar positive Kritiken und gewann Deutsche Filmpreise für das Beste Maskenbild und die Beste Filmmusik, war aber kein Kassenerfolg.

Mehr als dreieinhalb Jahre später, bei der Berlinale 2020, stellte Naber seinen nächsten Film vor: Das auf realen Begebenheiten basierende satirische Politdrama "Curveball - Wir machen die Wahrheit", über einen BND- Biowaffenexperten, der Ende der 1990er um jeden Preis beweisen will, dass Saddam Hussein Massenvernichtungswaffen herstellen lässt. Beim Deutschen Filmpreis 2021 wurde "Curveball" als Bester Spielfilm in Bronze ausgezeichnet.