Isabel Prahl wurde 1978 in Münster geboren. Sie studierte zunächst Grafikdesign in Hamburg sowie Literatur, Kultur und Medien in Siegen. Zum praktischen Filmgeschäft kam sie durch ein Volontariat bei einer Kölner Produktionsfirma. Im Jahr 2007 nahm sie ein Postgraduiertenstudium an der Kölner Kunsthochschule für Medien auf. 2009 drehte sie den Social Spot "Armut kennt viele Geschichten“, der beim Young Director Award Festival in Cannes preisgekrönt wurde und darüber hinaus den Förderpreis der DEFA-Stiftung beim Schlingel-Filmfestival in Chemnitz und einen Hauptpreis beim Kinder-Medien-Festival Goldener Spatz in Gera/Erfurt gewann. Auch für ihren 30-minütigen Abschlussfilm "Ausreichend" (2011) wurde Prahl mehrfach ausgezeichnet: Unter anderem mit dem First Steps Award und mit dem Preis für den Besten ausländischen Kurzfilm beim Philadelphia Independent Film Festival. Im Jahr 2012 erhielt Prahl den Förderpreis des Landes NRW.

Nach ihrem Studium drehte Isabel Prahl diverse Werbespots, unter anderem für die Allianz und die Deutsche Knochenmarkspenderdatei (DKMS). Im November 2017 stellte sie beim Black Nights Film Festival in Talinn, Estland, ihren ersten abendfüllenden Spielfilm vor: Das Familiendrama "1000 Arten Regen zu beschreiben" mit Bibiana Beglau und Bjarne Mädel in den Hauptrollen. In Talinn wurde der Film mit dem Preis für das Beste Debüt ausgezeichnet. Die Deutschlandpremiere fand im Januar 2018 beim Filmfestival Max Ophüls Preis statt. Im folgenden März startete "1000 Arten Regen zu beschreiben" in den deutschen Kinos. Als Co-Produzentin war sie danach an Barbara Otts Debüt-Langfilm und Familiendrama "Kids Run" beteiligt, dessen Dreharbeiten 2018 stattfanden und der seine Weltpremiere 2020 auf der Berlinale in der Sektion Perspektive Deutsches Kino feierte.  

Beim investigativen TV-Film "Was wir wussten – Risiko Pille", im Oktober 2019 in der ARD erstausgestrahlt wurde und die schweren Nebenwirkungen der Antibaby-Pille thematisiert, führte sie wieder Regie. Zum Zeitpunkt der Ausstrahlung dieses Films, drehte sie auch ihr nächstes Projekt, den Kölner TV-Krimi "Gefangen" aus der "Tatort"-Reihe, der 2020 in der ARD zu sehen war. Auch für die Krimiserien "Friesland" (Erstausstrahlung im Dezember 2019) und "Marie Brand" mit Mariele Millowitsch als Kommissarin führte sie bei jeweils einer Folge Regie.