Götz Weidner wurde am 12. Dezember 1942 in Berlin als Sohn eines Filmjournalisten und einer Kunstmalerin geboren. Nach einigen Jahren in Frankfurt zog die Familie 1956 nach München, wo der Vater Pressechef beim Constantin Filmverleih wurde. Am Gymnasium erkannte der Kunstlehrer das Talent Götz Weidners und betraute den Teenager mit dem Zeichnen von Theaterkulissen und Bühnenbildern. Nach dem Abitur absolvierte Weidner mit 18 Jahren ein Praktikum bei der Münchner Bavaria Film – eigentlich mit dem Ziel, danach die Kunstakademie zu besuchen, um Bühnenbildner beim Theater zu werden. Doch es kam anders: Weidner entdeckte die Welt des Films für sich und blieb bei der Bavaria, wo er von 1962 bis 1966 eine Ausbildung zum Szenenbildner absolvierte. 1966 war er unter der Leitung von Rolf Zehetbauer und gemeinsam mit dem Trickmeister Theo Nischwitz an der Herstellung der Spezial-Effekte für die Fernsehserie "Raumpatrouille Orion" beteiligt. 

1970 begann Weidner, als freier Filmarchitekt zu arbeiten, zunächst vor allem für Fernsehserien wie "Graf Yoster gibt sich die Ehre" (1974) und "Derrick" (1974-1976). Häufig arbeitete er mit dem Regisseur Franz Peter Wirth zusammen, etwa bei dem Zweiteiler "Die Marquise von B." (1970) und bei der vierteiligem Filmbiografie "Wallenstein" (1978). Der große Durchbruch gelang Weidner mit Wolfang Petersens Welterfolg "Das Boot" (1981), bei dem er erneut mit Rolf Zehetbauer zusammenarbeitete. In den folgenden Jahren avancierte er endgültig zu einem der renommiertesten und gefragtesten Szenenbildner des deutschen Films. 

Zu Weidners bekanntesten Arbeiten der 1980er Jahre gehören Peter Zadeks Wirtschaftswunder-Satire "Die wilden Fünfziger" (1983), Petersens Fantasy-Abenteuer "Die unendliche Geschichte" (1984, mit Johann Kott und Herbert Strabel) und die TV-Mehrteiler "Väter und Söhne" (DE/IT/AT 1985) und "Hemingway" (DE/FR/IT/US 1987), beide mit Bernhard Sinkel als Regisseur. Für "Väter und Söhne" wurde Weidner 1988 zusammen mit Erhard Engel mit dem CableACE Award (USA) ausgezeichnet.

Allein in der ersten Hälfte der 1990er Jahr zeichnete Weidner für die Ausstattung so unterschiedlicher Filme wie der Komödie "Go, Trabi, Go" (1990), der Fantasy-Fortsetzung "Die unendliche Geschichte II – Auf der Suche nach Phantasien" (1990), der Gesellschaftssatire "Schtonk!" (1992) und dem Polizeithriller "Die Sieger" (1993) verantwortlich. Für Fernsehen war er unter anderem bei mehreren Folgen der Krimireihe "Polizeiruf 110" und bei Dieter Wedels viel beachtetem Kiez-Mehrteiler "Der König von St. Pauli" (1998) tätig.

Mit dem Hollywoodfilm "U-571" (US/FR 2000) wurde Götz Weidner 20 Jahre nach "Das Boot" erneut für einen im Zweiten Weltkrieg spielenden U-Boot-Film engagiert – und auch dieser wurde nicht zuletzt für sein realistisches Szenebild gelobt. Für Heinrich Breloers mehrfach ausgezeichneten TV-Dreiteiler "Die Manns – Ein Jahrhundertroman" (2001) baute er die im Krieg zerstörte Münchener Villa Thomas Manns detailgetreu nach. Die Ausstattung des TV-Mehrteilers "Das Wunder von Lengede" (2003, Regie: Kaspar Heidelbach), über das Grubenunglück von Lengede im Jahr 1963, brachte ihm den Bayerischen Fernsehpreis ein. Für die Arbeit bei Breloers "Speer und Er" (2005) erhielt Weidner eine Nominierung für den Deutschen Fernsehpreis. 2006 arbeitete Götz Weidner erneut mit Heidelbach zusammen, um die Verfilmung des Untergangs der "Pamir", einem Segelschulschiff, zu realisieren. Für das Szenenbild bei Breloers aufwändiger Kinoproduktion "Buddenbrooks" (2008) wurde Götz Weidner mit dem Bayerischen Filmpreis ausgezeichnet. 

Nach Kaspar Heidelbachs Kinofilm "Berlin '36" (2009), die Geschichte der jüdischen Olympia-Hochspringerin Gretl Bergmann, wurden die Arbeiten des inzwischen 67-Jährigen seltener. Er zeichnete in den nächsten Jahren noch für die Szenenbilder bei dem Atomunglücks-Drama "Restrisiko" (2011, TV) und der Filmbiografie "Egon Schiele – Tod und Mädchen" (AT/LU 2016) verantwortlich. Joseph Vilsmaier konnte Weidner 2019 noch einmal aus dem Rentnerdasein locken, um das Szenenbild der skurril-märchenhaften Romanze "Der Boandlkramer und die ewige Liebe" zu gestalten.