Jan Niklas wurde als Jan Niklas Kupferoth am 17. Oktober 1947 in München geboren, wo er auch aufwuchs. Nach einem Internatsaufenthalt in England besuchte er eine Schauspielschule in London, gefolgt von einer Ausbildung an der Max-Reinhardt-Schule für Schauspiel in Berlin. Danach spielte er mehrere Jahre Theater, Stationen waren unter anderen das Schillertheater Berlin, das Stadttheater Regensburg, das Hessische Staatstheater Wiesbaden, das Thalia-Theater Hamburg, das Residenztheater München sowie das Theater in der Josefstadt in Wien.

In den folgenden Jahren spielte Jan Niklas in zahlreichen erfolgreichen nationalen und internationalen Film- und Fernsehproduktionen. Nach ersten kleineren Rollen, etwa in der Krimiserie "Sonderdezernat K1", der deutsch-französischen Koproduktion "Operation Lady Marlene" mit Michel Serrault oder in der Heinrich-Böll-Adaption "Ansichten eines Clowns" (1975) war er 1976 in der US-amerikanischen TV-Produktion "21 Hours at Munich" ("Die 21 Stunden von München") mit William Holden und Franco Nero über das Attentat auf die israelischen Sportler bei den Olympischen Spielen 1972 zu sehen.

Im achtteiligen, aufwändigen Gesellschaftsporträt "Theodor Chindler - Die Geschichte einer deutschen Familie" (1979) von Hans W. Geissendörfer war Niklas als ältester Sohn der Familie Chindler zu sehen. In der Regie von Hollywood-Regisseur Delbert Mann spielte er 1981 in der Koproduktion "Mit dem Wind nach Westen", in István Szabós vielfach ausgezeichnetem und Oscar-nominierten "Oberst Redl" (1985) verkörperte er den arroganten Baron Kubinyi.

International bekannt wurde Jan Niklas 1986 durch die mit drei Emmy Awards ausgezeichnete, vierteilige Hollywood-Produktion "Peter the Great" ("Peter der Große", NBC) in der Regie von Marvin Chomsky und Larry Schiller, in der er den jungen Zaren Peter an der Seite von Vanessa Redgrave, Omar Sharif, Laurence Olivier, Trevor Howard und Lilli Palmer spielte; der ältere Zar Peter wurde von Maximilian Schell verkörpert. Für seine Darstellung wurde Niklas von der größten amerikanischen Fernsehzeitung "TV-Guide" als Entdeckung des Jahres geehrt, außerdem erhielt er eine Golden-Globe-Nominierung für die Beste Hauptrolle. Er gewann diese Auszeichnung im selben Jahr in der Kategorie Bester Darsteller in einer Nebenrolle für einen weiteren Exkurs in die russische Geschichte, den Zweiteiler "Anastasia", ebenfalls inszeniert von M. Chomsky für NBC. Er spielt darin an der Seite von Rex Harrison, Olivia de Havilland und Amy Irving den Prinzen Erik. Neben den Österreichern Oskar Werner, Maximilian Schell, Klaus Maria Brandauer und Christoph Waltz ist Jan Niklas der bislang einzige deutsche Schauspieler, der einen Golden Globe gewonnen hat.

Es folgten zahlreiche weitere deutsche wie auch internationale Produktionen, darunter mit prominenten Regisseuren wie Claude Chabrol ("Dr. M", 1990) oder Bille August ("Das Geisterhaus", 1993). In dem 2002 mit einem Emmy Award als bester Film ausgezeichneten und für drei Golden Globes nominierten US-Zweiteiler "Anne Frank" spielte Jan Niklas neben Ben Kingsley und Brenda Blethyn die Rolle des Fritz Pfeffer, einen der jüdischen Versteckten im Amsterdamer Hinterhaus.

Weitere Filme waren beispielsweise Jo Baiers viel gelobte TV-Produktion "Wambo" (2001) über die tragische Geschichte des bayerischen Schauspielers Walter Sedlmayr (Jürgen Tarrach), der "Tatort"-Krimi "Die Spieler" (2004) in der Regie von Michael Verhoeven und Sharon von Wietersheims Drama "Die Zeit, die man Leben nennt" (2008).

Jan Niklas besitzt die deutsche und US-amerikanische Staatsbürgerschaft und lebt in Los Angeles.