Christoph Hübner, geboren am 26. Dezember 1948 in Heidelberg, machte in Hamburg das Abitur und studierte in Heidelberg Jura. 1967 begann er mit fotografischen Arbeiten und Theaterarbeit im Heidelberger "Theater im Gewölbe". 1968 lernte er Gabriele Voss kennen, die für ihn zur Arbeits- und Lebenspartnerin wurde. Bei gemeinsamen Filmen übernahm Hübner meistens die Kamera und Produktion, während Voss sich um Montage und Dramaturgie kümmerte.

Hübner setzte sein Jurastudium in München bis 1971 fort. Bis 1975 studierte er dann an der Hochschule für Fernsehen und Film (HFF) in München. 1975 bis 1978 war Hübner Dozent an der Filmklasse der Hochschule für Bildende Künste (HfbK) Hamburg. Es folgten weitere Lehrtätigkeiten an verschiedenen Universitäten, Kunstakademien und Filmhochschulen sowie Reisen für das Goethe-Institut in alle Welt.

Seit 1975 ist Hübner als Regisseur und Produzent tätig. Davor liefen die Hochschulfilme, die er gemeinsam mit Gabriele Voss drehte, bereits auf verschiedenen Filmfestivals, so zum Beispiel "Drei Ansichten einer Stadt" (1973) auf der Filmschau in Hamburg oder "Huckinger März" (1974) auf dem IFF in Mannheim. In "Huckinger März" rekapitulierten Hübner und Voss in Zusammenarbeit mit den Beteiligten einen Streik in einem Stahlwerk in Duisburg. Hier kamen die beiden filmisch zum ersten Mal in Kontakt mit dem Ruhrgebiet, einem wichtigen Angelpunkt ihres weiteren Schaffens. 

1978 zogen Voss und Hübner ins Ruhrgebiet und gründeten dort das RuhrFilmZentrum mit, zwei Jahre später auch das Filmbüro NW; Ziel beider Institutionen war die Förderung der Filmszene in Nordrhein-Westfalen. 1980 war Hübner zudem Gründungsmitglied des Europäischen Dokumentarfilminstituts (EDI). Für den Dokumentarfilm "Lebensgeschichte des Bergarbeiters Alfons S.", einem biografischen Interview in acht Teilen, erhielten Hübner und Voss 1980 den Adolf-Grimme-Preis.

Mit "Prosper-Ebel – Chronik einer Zeche und ihrer Siedlung" unternahmen sie in einem für sie typischen Langzeitprojekt den Versuch einer individuellen und facettenreichen Dokumenation einer Zeche im Ruhrpott.

In "Vincent van Gogh – Der Weg nach Courrières" widmeten sich Voss und Hübner 1989 nach längerer Zeit wieder einem Thema außerhalb des NRW-Kontextes. Der Film erzählt anhand von Briefen des Malers an seinen Bruder die unbekannten Anfänge van Goghs. "Anna Zeit Land" (1994) erzählte die Geschichte zweier Frauen in Deutschland über vier Jahre hinweg und verwendete dabei fiktionale wie dokumentarische Elemente. 1998 erschien "Das Alte und das Neue", in dem Voss und Hübner in die Bergarbeitersiedlung Bottrop/Ebel zurückkehren, und die Veränderungen der letzten 20 Jahre nachzeichnen. 

1994 bis 2000 entwickelten Hübner und Voss für 3Sat, WDR und ZDF das Projekt "Dokumentarisch arbeiten", in dessen 13 Folgen er sich u.a. mit Regisseuren wie Johan van der Keuken, Volker Koepp und Klaus Wildenhahn über das Spezifische des Dokumentarischen unterhielt. Verschiedene Lehraufträge führten ihn in diesem Zusammenhang durch Europa, die USA, Südamerika, Süd- und Südostasien und Afrika. Mit "Die Champions" (2003) eröffneten Hübner und Voss eine dokumentarische Trilogie über drei Nachwuchs-Fußballspieler der Borussia Dortmund. Die beiden folgenden Teile "HalbZeit – Vom Traum zum Leben" (2010) und "Nachspiel" (2019) behandelten den weiteren Werdegang eben dieser Spieler, insgesamt wurden sie über 20 Jahre begleitet. 

Nach dem Portrait "Thomas Harlan / Wandersplitter" (2006) über den Filmemacher Thomas Harlan und seine Auseinandersetzung mit seinem Vater Veit Harlan entstanden zwischen 2006 und 2010 die "EmscherSkizzen", in denen Hübner und Voss die Renaturierung der Emscher im Ruhrgebiet begleiteten. Gemeinsam mit sechs bhutanischen Mönchen machten sie in "Mandala" (2012) deren geheimnisvolle und flüchtige Sandmandalas für ein breiteres Publikum sichtbar. Ein Jahr später erschien "Transmitting" (2013) über drei Musiker auf einer musikalischen Reise nach Marokko. In "Nachlass" (2017) unterhielten sich die beiden Regisseur*innen mit Nachkommen von Holocaust-Überlebenden sowie hochrangigen NS-Tätern über Erinnerungskultur in Deutschland. 

Christoph Hübner lebt in Witten/Nordrhein-Westfalen.