Daniel Alfredson wurde am 23. Mai 1959 in Stockholm, Schweden, geboren. Praktische Filmerfahrungen sammelte er zwischen 1981 und 1992 bei Filmen seines Vaters, dem Schauspieler und Regisseur Hans Alfredson, wo er unter anderem als Regieassistent tätig war. Sein eigenes Regiedebüt gab Daniel Alfredson 1992 bei einer Folge der schwedischen Krimiserie "Kvällspressen". Im Jahr darauf folgte sein erster Kinofilm, der Mystery-Krimi "Mannen på Balkongen" ("Der Mann auf dem Balkon", SE/DE 1993), für dessen Drehbuch er den schwedischen Filmpreis 'Guldbagge Award' erhielt. Der Thriller "Tic Tac" (SE 1997) brachte Alfredson einen 'Guldbagge Award' für die Beste Regie ein; außerdem wurde der Film auf mehreren Festivals preisgekrönt. Daneben drehte Alfredson im Lauf der Jahre mehrere Fernsehspiele und diverse Serienfolgen.

Internationale Aufmerksamkeit erhielt Daniel Alfredson durch die viel gelobten Stieg-Larsson-Verfilmungen "Verdammnis" (SE/DK/DE 2009) und "Vergebung" (SE/DK/DE 2009), die als Kinofilme und auch als Fernseh-Mehrteiler ausgewertet wurden (bei "Verblendung", dem ersten Teil der Trilogie, war Alfredson Regisseur des 2. Stabs). Nach dem Erfolg dieser Arbeiten realisierte Alfredson mehrere internationale Koproduktionen, darunter zwei Filme mit Anthony Hopkins: das auf einem realen Fall basierende Kriminaldrama "Kidnapping Mr. Heineken" (GB/NL/BE/US 2015) und den Thriller "Go with Me" (US 2015).

Bei der deutschen Produktion "Intrigo: Tod eines Autors" (2018) verfilmte Alfredson einen Roman von Håkan Nesser; mit den Thrillern "Intrigo: Samaria" (SE/US/DE 2018) und "Intrigo: Dear Agnes" (SE/US/DE 2018) folgten zwei weitere Nesser-Adaptionen.