Markus Imhoof, geboren am 19. September 1941 in Winterthur, Schweiz, studierte Germanistik, Kunstgeschichte und Geschichte in Zürich. 1967/68 besuchte er zudem Filmkurse an der Züricher Kunstgewerbeschule. Zu seinen ersten Kurzfilmen gehört die Dokumentation "Rondo" (1968), die auf Grund ihrer Kritik am schweizerischen Strafvollzug im Kanton Zürich bis 1976 verboten war.

Ab Mitte der 1970er Jahre realisierte Imhoof, der von 1969 bis 1977 Mitglied der Eidgenössischen Filmkommission war, vor allem Spielfilme mit dokumentarischen Elementen. Immer wieder griff er dabei sozialkritische oder politische Themen auf. "Fluchtgefahr" (1974), für dessen Vorbereitung er zwei Monate lang als Gefängniswärter arbeitete, zeichnete die kriminelle Karriere eines Automechanikers nach, der durch eine Bagatelle in die Mühlen der Justiz gerät und nach seiner Flucht endgültig in die Kriminalität abrutscht. 1976 gründete er seine Produktionsfirma Limbo-Film AG.

Für großes Aufsehen sorgte Imhoof 1980 mit "Das Boot ist voll": Darin thematisierte er die fragwürdige Haltung der Schweiz gegenüber Flüchtlingen aus Nazi-Deutschland. Der Film erhielt unter anderem einen Silbernen Bären auf der Berlinale 1981 und wurde bei den italienischen Donatello-Awards mit einem Spezialpreis ausgezeichnet.

"Die Reise", eine freie Verfilmung nach dem politischen Roman-Essay von Bernward Vesper, wurde 1986 bei den Filmfestspielen in Venedig uraufgeführt.

1996 gründete er die Markus Imhoof Film GmbH und realisierte unter deren Label das Drama "Flammen im Paradies" (1997), die Geschichte einer Frau, die im Jahr 1912 in Indien ihre persönliche Freiheit zu finden versucht.

Danach dauerte es 15 Jahre, bis Markus Imhoof, der seit 2003 in Berlin lebt, einen weiteren Kinofilm vorlegte: Die Dokumentation "More Than Honey", über die Lebenswelt und die für den Menschen lebenswichtige Bedeutung der Bienen, feierte beim Locarno Filmfestival 2012 Premiere und startete im November des selben Jahres in den deutschen Kinos. Der Film erhielt auch zahlreiche Preise, darunter den Bayerischen Filmpreis, den Deutschen Filmpreis und den Schweizer Filmpreis, jeweils als Bester Dokumentarfilm.

Imhoofs nächster Dokumentarfilm "Eldorado" (CH/DE 2018), über die aktuelle europäische Flüchtlingspolitik, feierte im Wettbewerb (außer Konkurrenz) der Berlinale 2018 Premiere. Im April 2018 startete er regulär in den Kinos.