Marco Kreuzpaintner wird am 11. März 1977 in Rosenheim geboren. Der Sohn einer Sekretärin und eines Briefträgers studiert zunächst Kunstgeschichte in Salzburg und bringt sich das Filmhandwerk bei Jobs in der Film-, Werbe- und Musikvideoproduktion selbst bei. Er übernimmt Assistenzen bei Peter Lilienthal und Edgar Reitz, ist für Reitz auch Assistent bei der Synchronisation des Stanley-Kubrick-Films "Eyes Wide Shut".

Kreuzpaintners erster Kurzfilm "Entering Reality" mit August Diehl und August Zirner erregt bereits 1998 Aufmerksamkeit auf Filmfestivals und wird mit dem Prädikat "besonders wertvoll" ausgezeichnet. 1999 gründet er gemeinsam mit Oliver Weiss die Produktionsfirma "Die Filmmanufaktur", und im Jahr 2000 entsteht der Kurzfilm "Der Atemkünstler", der für den Talentpreis "First Steps Award" nominiert wird. 2002 dreht er den TV-Pilotfilm "Rec - Kassettenmädchen/Kassettenjungs".

Kreuzpaintners erster Spielfilm "Ganz und gar" kommt 2003 in die Kinos und wird für den Max-Ophüls-Preis nominiert. Der Film schildert den Kampf eines jungen Mannes, der durch einen Unfall ein Bein verliert und sich mit seiner neuen Lebenssituation arrangieren muss. Dabei gerät er in Konflikt mit seinem Freundeskreis und mit sich selbst.

"Sommersturm", der zweite Spielfilm von Marco Kreuzpaintner, entsteht 2004 und hat autobiographische Züge. Er erzählt die Geschichte eines jugendlichen Sportlers, gespielt von Robert Stadlober, der seine erste Liebe zu seinem besten Freund (Kostja Ullmann) entdeckt. Der Film wird auf zahlreichen Festivals ausgezeichnet, Marco Kreuzpaintner selbst erhält unter anderem den "New Faces Award". 2006 adaptiert er das Jugendbuch "Die Wolke" von Gudrun Pausewang für die Leinwand, Gregor Schnitzler inszeniert den Film über zwei verliebte Jugendliche im Chaos nach einem Atom-Supergau.

Die US-amerikanisch-deutsche Koproduktion "Trade - Willkommen in Amerika" ist nach "Sommersturm" die zweite Zusammenarbeit mit den Produzenten Jakob Claussen und Thomas Wöbke und kommt 2007 in die Kinos. In Amerika gedreht und mit Kevin Kline in einer Hauptrolle, erzählt der Film davon, wie Kinder und Frauen von Mexiko in die USA verschleppt und dort verkauft werden. Im Mittelpunkt der Geschichte steht die 13-jährige Adriana, die in Mexiko City entführt und als Sexsklavin in die USA verkauft wird. Für "Trade" wird Marco Kreuzpaintner mit dem "Cinema for Peace Special Award" des Hessischen Filmpreises und auf dem Filmfest München mit dem Bernhard-Wicki-Filmpreis geehrt.

Am 9. Oktober 2008 kommt "Krabat", die Verfilmung des gleichnamigen Jugendbuchs von Otfried Preußler, in die deutschen Kinos. Die Geschichte, die auf einer sorbischen Volkssage beruht, erzählt von dem Jungen Krabat, der in die Mühle eines dunklen Meisters aufgenommen wird, um dort die Kunst der schwarzen Magie zu erlernen. In den Hauptrollen sind Robert Stadlober, Daniel Brühl und David Kross zu sehen.

Danach wird es einige Jahre ruhig um Kreuzpaintner. Er betätigt sich vereinzelt als Produzent, aber bis zu seiner nächsten Regiearbeit dauert es sechs Jahre: Im Herbst 2014 startet "Coming In" in den Kinos, eine Komödie über einen schwulen Starfrisör, der inkognito im Salon einer Kiez-Frisörin anfängt, um seinen Kundenstamm zu erweitern.

Fürs Fernsehen dreht er die viel gelobte "Polizeiruf 110"-Folge "Und vergib uns unsere Schuld" (2015), mit Matthias Brandt als Kommissar Hanns von Meuffels. Weniger erfolgreich bei Kritik und Publikum ist seine Kinokomödie "Stadtlandliebe" (2016), über ein erfolgreiches Großstadtpaar, das auf dem Land neu anfangen will. Sehr gute Kritiken erhält Kreuzpaintner dann wieder für den vielschichtigen TV-Thriller "Sanft schläft der Tod" (2016), über die Entführung zweier Kinder. Für Amazon inszeniert er anschließend mit "Beat" (2018) eine siebenteilige Thriller-Serie, angesiedelt in der Club- und Techno-Szene Berlins. Die Hauptrollen spielen Jannis Niewöhner, Karoline Herfurth, Christian Berkel und Alexander Fehling.

Mit "Der Fall Collini" realisiert Kreuzpaintner schließlich wieder einen Kinofilm: Eine Verfilmung des Romans von Ferdinand von Schirach, über den mysteriösen Mord an einem alten Großindustriellen. Der mit Elyas M'Barek und Franco Nero besetzte Film startet im April 2019 in den Kinos.