Johannes Honsell wurde am 27. April 1978 in Rosenheim geboren und wuchs in Salzburg, Österreich, auf. Nach dem Gymnasialabschluss ging er nach München, wo er Geschichte studierte. Allerdings wendete Honsell sich bald dem Journalismus zu und war im Lauf der Jahre unter anderem für den Spiegel, die taz und die Süddeutsche Zeitung tätig. 2006 absolvierte er eine Ausbildung an der Deutschen Journalistenschule in München, wo er erstmals auch mit jenem Medium in Berührung kam, in dem er seine berufliche Erfüllung finden würde: Film und Fernsehen.

Zunächst realisierte Honsell Dokumentationen für Erwachsene. In "Im urbanen Niemandsland" (2007) schilderte er den Alltag von Obdachlosen an der Pariser Ringstraße Boulevard périphérique, in "Die ersten Kinder Israels" (2008) ging es um die Lebensläufe von Menschen, die 1948 am israelischen Gründungstag geboren wurden.

Schließlich wurde Honsell fester Mitarbeiter der Produktionsfirma Megaherz, wo er eine neue Wissenssendung für Kinder mitentwickelte, die bald zum Dauerbrenner avancierte: Das "Checker"-Format, eine Mischung aus Wissenschaftsreportage und Schnitzeljagd, das ab 2011 im KiKA ausgestrahlt wurde. Zu Beginn von Can Mansuroglu ("Checker Can") moderiert, übernahm 2013 Tobias Krell die Rolle des "Checkers" – nicht zuletzt dank Honsells massiver Fürsprache. Bei zahlreichen Episoden von "Checker Tobi" fungierte Honsell als Producer und Regisseur, für die Folge "Leben- und Sterben-Check" (2016) erhielt er mehrere Auszeichnungen und eine Nominierung für den Grimme-Preis. Mit "Checker Julian" (Julian Janssen) wurde das Format zwischenzeitlich erweitert. Zuletzt kam "Checkerin Marina" (Marina Blanke) zum "Checker"-Team hinzu.

Daneben drehte Honsell gemeinsam mit Matthias Gugler die TV-Reportage "Die 100.000-Euro-Babys" (2016) zum Thema Leihmutterschaft, und für Netflix die Kinderserie "Die Yoganauten" (2021). Außerdem schrieb Honsell, der deutscher und österreichischer Staatsbürger war, das Kabarettprogramm "Es österreicht" (2019), mit dem er auf Kleinkunstbühnen auftrat. Er war auch Dozent an der Deutschen Journalistenschule München.

2023 entstand nach Honsells Drehbuch und unter seiner Regie ein Kinofilm zur "Checker Tobi"-Serie: "Checker Tobi und die Reise zu den fliegenden Flüssen" war ein großer Kassenerfolg, wurde beim Zürich Film Festival 2023 mit dem Kinder-Publikumspreis ausgezeichnet und erhielt bei der Filmkunstmesse Leipzig 2023 den Gilde Filmpreis als Bester Kinderfilm. Beim Bayerischen Filmpreis 2024 erhielt der Film die Auszeichnung für das Beste Family Entertainment, beim Preis der Deutschen Filmkritik 2024 gab es für "Checker Tobi" eine Lobende Erwähnung. Im März 2024 wurde "Checker Tobi und die Reise zu den fliegenden Flüssen" für den Deutschen Filmpreis als Bester Kinderfilm nominiert.

Die letzteren Ehrungen erlebte Johannes Honsell allerdings nicht mehr – am 27. Dezember 2023 erlag er im Alter von nur 45 Jahren einem Hirntumor.