Marie Kreutzer wurde 1977 in Graz, Österreich, geboren. Ihre Matura absolvierte sie an der AHS Modellschule, eine Alternativschule mit künstlerischem Schwerpunkt. 1997 begann sie ein Studium an der Filmakademie Wien im Fachbereich Buch und Dramaturgie bei Walter Wippersberg. Bereits mit ihrem ersten Kurzfilm "Cappy Leit" (2000) konnte sie einen Erfolg erzielen: Er wurde bei der Diagonale in Graz gezeigt und gewann den Ersten Preis des Jugendfilm-Wettbewerbs der Kurzfilmtage Oberhausen. Ihren Abschluss machte Kreutzer 2005 mit einer Diplomarbeit zum Thema "Dramaturgie des Kurzspielfilms".

Für das Drehbuch zu dem Kinofilm "Das Fräulein" (CH/DE 2006) wurde sie zusammen mit Andrea Štaka und Barbara Albert mit dem Schweizer Filmpreis ausgezeichnet. Von 2003 bis 2012 gehörte Kreutzer zum Kreativ- und Regieteam der ORF-Sendung "Sendung ohne Namen".  

Ihr Regie-Langfilmdebüt gab Marie Kreutzer mit der Familien- und Milieustudie "Die Vaterlosen" (AT 2011). Der Film feierte im Panorama der Berlinale 2011 Premiere. Bei der Diagonale gewann "Die Vaterlosen" drei Preise, darunter den Großen Preis des Landes Steiermark. Bei den Bozner Filmtagen wurde er als Bester Spielfilm ausgezeichnet, beim Fünf-Seen-Festival mit dem Nachwuchspreis. Beim Österreichischen Filmpreis war Kreutzer für das Beste Drehbuch nominiert.

Für ihren nächsten Film, die tragikomische Charakterstudie "Gruber geht" (AT 2015) nach dem Roman von Doris Knecht, erhielt Kreutzer Nominierungen für den Österreichischen Filmpreis in den Kategorien Beste Regie und Bestes Drehbuch. Ihr dritter Langspielfilm, die bissig-satirische Bobo-Milieustudie "Was hat uns bloß so ruiniert" (AT 2016), erhielt gemischte Kritiken. Besser kam "Die Notlüge" AT 2017) an, ihr Beitrag zu der Fernsehspielreihe "Stadtkomödie": die Komödie über die Wirrungen einer Patchworkfamilie war für den Thomas-Pluch-Drehbuchpreis (Pia Hierzegger) nominiert und gewann bei den Biberacher Filmfestspielen den Fernsehbiber für den Besten Fernsehfilm.

Ein großer Erfolg war das Drama "Der Boden unter den Füßen" (AT 2019), über eine beruflich erfolgreiche Frau, die sich neben ihrer Karriere um ihre schizophrene und suizidale Schwester kümmert. Der Film feierte im Wettbewerb der Berlinale Weltpremiere; beim Filmkunstfest Mecklenburg-Vorpommern gewann Kreutzer den NDR-Regiepreis, Hauptdarstellerin Valerie Pachner den Nachwuchsdarstellerpreis (Pachner erhielt mehrere weitere Auszeichnungen). Beim Österreichischen Filmpreis war "Der Boden unter den Füßen" in sieben Kategorien nominiert (u.a. als Bester Film und für die Beste Regie), wovon schlussendlich Pia Hierzegger die Auszeichnung für die Beste weibliche Nebenrolle gewann.

Im März 2021 begann Marie Kreutzer mit den Dreharbeiten zu ihrem nächsten Film: "Corsage" erzählt die Geschichte der legendären Kaiserin Sisi während ihrer späteren Lebensjahre. In der Hauptrolle besetzte Kreutzer, wie schon in "Was hat uns bloß so ruiniert", Vicky Krieps.