Sebastian Schultz wurde 1974 in Kiel geboren. 1996 absolvierte er ein Praktikum bei einem Grafiker und Fotografen; parallel dazu begann er, sich mit Film zu beschäftigen. Von 1998 bis 2000 brachte er sich als Schnittassistent im Werk Hamburg die Grundlagen des Editoren-Handwerks bei. Im Jahr 2000 begann Schultz als selbstständiger Editor und Regisseur zu arbeiten. Er realisierte Werbespots (z.B. für die Oldenburgische Landesbank) und Musikvideos, unter anderem für Rocko Schamoni und Blumfeld.

Sein Debüt als Filmeditor gab Schultz bei Till Franzens episodisch angelegtem Ensemblefilm "Die blaue Grenze" (2005). Danach zeichnete er für den Schnitt bei Achim Bornhaks Uschi-Obermeier-Filmbiografie "Das wilde Leben" (2005-2007) verantwortlich. Seither konzentriert Schultz sich auf den Schnitt von Kino- und TV-Produktionen. Bei der "Tatort"-Folge "Borowski und die einsamen Herzen" (2008) arbeitete er erstmals mit dem Regisseur Lars Jessen zusammen – seither zeichnete Schultz bei zahlreichen Filmen Jessens für den Schnitt verantwortlich. So etwa "Dorfpunks" (2009), "Hochzeitspolka" (2010) und diversen Folgen der Krimireihe "Mord mit Aussicht" (2012-2014). Bei Jessens Kinokomödie "Fraktus" (2012) war Schultz auch am Drehbuch beteiligt und zeichnete als Co-Regisseur verantwortlich. Auch bei der "Mord mit Aussicht"-Folge "Tod eines Roadies" (2014) und bei Patrick Siegfried Zimmers eigenwilligem Science-Fiction-Kinofilm "Anhedonia" (2015) wirkte Schultz am Drehbuch mit.

2015 gründete Schultz zusammen mit Lars Jessen die Eichholz Film GmbH; im Jahr darauf riefen Schultz und Jessen zusammen mit Klaas Heufer-Umlauf ("Circus Halli Galli") die Produktionsfirma Bird&Bird Film GmbH ins Leben, die sich auf Talentsuche und die Entwicklung neuer TV-Formate konzentriert.

Mit der Eichholz Film GmbH produzierte Schultz unter anderem das preisgekrönte Fernsehspiel "Jürgen - Heute wird gelebt" (2017, Regie: L. Jessen) und den Dokumentarfilm "Wildes Herz" (2014-2017), bei dem er zusammen mit Charly Hübner auch Regie führte. "Wildes Herz", über die ostdeutsche Punkband Feine Sahne Fischfilet, wurde beim Festival DOK Leipzig 2017 vierfach preisgekrönt, unter anderem mit dem DEFA-Förderpreis und mit dem Dokumentarfilmpreis des Goethe-Instituts. Im April 2018 startete der Film in den deutschen Kinos.