Michael Schaerer wurde am 17. März 1975 in Aarau, Schweiz, geboren. 1996 nahm er ein Bachelor-Studium im Fach Film- und Videoregie an der School of Visual Arts (SVA) in New York auf, das er im Jahr 2000 abschloss. Seine Abschlussarbeit, der Kurzspielfilm "Warmth" (CH 2000), lief im Kurzfilmwettbewerb des Filmfestivals von Venedig und wurde 2001 bei den Student Academy Awards ("Studenten-Oscar") mit einer Goldmedaille in der Kategorie "Alternative" (Experimentalfilm) ausgezeichnet.

Nach dem Studium war Michael Schaerer in erster Linie als Editor für Kino und Fernsehen tätig. So zeichnete er unter anderem bei Mike Eschmanns Komödienhit "Achtung, fertig, Charlie!" (CH 2003), Bettina Oberlis Kleinstadtkomödie "Die Herbstzeitlosen" (CH 2006), Eschmanns Historienkomödie "Tell" (CH/DE 2007) und Oberlis Psychodrama "Tannöd" (DE/CH 2009) für den Schnitt verantwortlich. Parallel dazu entwickelte er eigene Projekte und führte bei der zehnteiligen schweizerischen Dokuserie "Start up – der Weg zur eigenen Firma" (2007) Regie.

Sein Langfilmdebüt als Regisseur gab Michael Schaerer mit dem Drama "Stationspiraten" (CH 2010), über eine Gruppe 15-jähriger Patienten auf einer Krebsstation. Der Film wurde beim Emden Film Festival mit dem EZetera-Filmpreis und mit dem AOK-Filmpreis ausgezeichnet; beim Filmfestival Max Ophüls Preis erhielt er den Preis der Schülerjury, beim Zürich Film Festival den Publikumspreis. Die Krebsliga Schweiz verlieh Schaerer 2012 den Anerkennungspreis, mit dem Personen oder Organisationen ausgezeichnet werden, die sich für die Verbesserung der Situation von Patienten einsetzen.

Trotz dieses Erfolgs konzentrierte Schaerer sich in den nächsten Jahren wieder ganz auf den Schnittbereich, etwa bei der TV-Komödie "Liebe und andere Unfälle" (CH 2012), bei der Luzerner "Tatort"-Folge "Skalpell" (CH 2012) sowie bei den Kinofilmen "Clara und das Geheimnis der Bären" (CH/DE 2013) und "Das kleine Gespenst" (DE/CH 2013).

Regie führte Schaerer bei der Luzerner "Tatort"-Folge "Zwischen zwei Welten" (CH/DE 2014), die sehr positive Kritiken erhielt. Hoch gelobt wurde auch sein Fernsehspiel "Lina" (CH 2016), über eine Frau, die nach 40 Jahren ihren zwangsweise zur Adoption freigegeben Sohn wiedersieht; das Drama über die in der Schweiz bis 1981 gängige Praxis nahezu willkürlicher Einsperrungen "auffälliger" Bürger in "Arbeitsanstalten", erhielt bei den Solothurner Filmtagen den Publikumspreis.

Parallel zu diesen Regiearbeiten zeichnete Schaerer als Editor unter anderem bei zwei Filmen Alain Gsponers verantwortlich: bei dem Holocaust-Drama "Akte Grüninger" (CH 2014) und bei der preisgekrönten Kinderbuchverfilmung "Heidi" (DE/CH 2015). Als nächsten eigenen Film realisierte Schaerer "Die kleine Hexe" (DE/CH 2017), nach dem Kinderbuch-Klassiker von Otfried Preußler. Er startete im Februar 2018 in den Kinos.

Neben seiner Arbeit als Filmemacher und Editor lehrt Michael Schaerer im Bereich Film an der Zürcher Hochschule der Künste.