Herbert Gerdes wurde am 1. April 1884 in Blexen geboren. Über seinen frühen Werdegang ist nicht viel bekannt. Anfang der 1920er Jahre war er als Filmregisseur tätig und drehte mehrere Melodramen für verschiedene Berliner Produktionsfirmen. Bereits 1932 tat er sich als NS-Filmpropagandist hervor, mit dem Dokumentarfilm "Der Führer [Großdeutschlands]", zu dem Propagandaminister Joseph Goebbels das Drehbuch verfasste. Im April 1933 folgte Gerdes' Parteieintritt in die NSDAP.

Ab 1935 war Gerdes im "Rassenpolitischen Amt" (RPA) der NSDAP in Berlin tätig, das 1934 aus dem "Aufklärungsamt für Bevölkerungspolitik und Rassenpflege" des Nationalsozialistischen Deutschen Ärztebundes (NSDÄB, auch: NSD-Ärztebund) hervorgegangen war. Es hatte etwa 25 Mitarbeiter und wurde von dem radikal antisemitisch agierenden Arzt und NS-Politiker Walter Groß (1904-1945) geleitet.

Herbert Gerdes drehte im Laufe der 1930er Jahre für das Amt mehrere Propagandafilme von je ca. 25 Minuten Länge, 1937 beispielsweise "Alles Leben ist Kampf". 1936 und 1938 inszenierte er mit "Erbkrank" und "Was du ererbt" auch zwei so genannte "Aufklärungsfilme" zur "Rassenhygiene", die das Kinopublikum bereits in kaum missverständlicher Weise auf die spätere Vernichtung von "lebensunwertem Leben" einstimmten.

1941 wurde Gerdes Leiter der Abteilung Film des RPA im Generalgouvernement Krakau. Über sein weiteres Leben ist wenig bekannt.

Er starb am 17. Oktober 1957 in Esslingen.