Jonathan Jakubowicz wurde am 29. Januar 1978 als Sohn polnischer Juden, die vor den Nazis nach Südamerika geflüchtet waren, in Caracas, Venezuela, geboren. 1997 graduierte er von der New York Film Academy. Sein Langfilmdebüt "Seccuestro Express" (2005), ein Thriller über die alltäglichen Kidnapping-Fälle in Caracas, war ein großer Kassenerfolg, zog wegen der ungeschönt-düsteren Schilderung des Lebens in Caracas aber den Unmut der Regierung unter Hugo Chávez auf sich.  

Auch wegen des Drucks der Regierung verließ Jakubowicz Venezuela und arbeitete zunächst in Kolumbien und Chile. Schließlich ging er in die USA, wo er nach seinem eigenen Drehbuch das Drama "Hands of Stone" (2016) drehte, eine Filmbiografie des Boxers Roberto Duran und seines Trainers Ray Arcel; die Hauptrollen spielten Edgar Ramírez und Robert De Niro. 

Als amerikanisch-britisch-deutsche Koproduktion entstand Jakubowiczs nächster Film: das historische Drama "Résistance" schildert, wie der später weltberühmte Pantomine Marcel Marceau (1923-2007) sich als junger Mann im von den Nazis besetzten Frankreich im Widerstand engagierte und zahllosen Kindern das Leben rettete. Die Hauptrolle spielte Hollywoodstar Jesse Eisenberg; Matthias Schweighöfer verkörperte den berüchtigten SS-Offizier Klaus Barbie. Der Film feierte im März 2020 beim Miami Film Festival Premiere. In Deutschland wurde er mit dem Internationalen Friedenspreis des Deutschen Films - Die Brücke ausgezeichnet. Der deutsche Kinostart erfolgte Ende 2020.